In Nioh 3, spelers nemen de rol aan van Tokugawa Takechiyo, die op het punt staat de volgende Shogun te worden tijdens de turbulente Sengoku-periode van Japan.In de schaduwen is Takechiyos jongere broer, Tokugawa Kunimatsu, verteerd door haat jegens de opvolging van zijn broer en beraamt hij een plan om hem omver te werpen. Gesterkt door een sinistere kracht, leidt hij een horde yokai in een felle aanval op Takechiyo, waarmee hij abrupt een einde maakt aan het tijdperk van vrede en Japan in de hel stort.Gegeleid door de mysterieuze kracht van zijn beschermgeest Kusanagi, overstijgt Takechiyo de tijd om te overleven in dit koninkrijk in zware tijden en de Shogun te worden.Het verhaal van Nioh 3 zal zich op een grotere schaal ontvouwen dan ooit tevoren in de geschiedenis van de serie. Het dekt verschillende tijdperken en regios, waaronder Edo Castle en de Ttmi-regio tijdens de Sengoku-periode, die spelers konden verkennen in de Alpha demo. Het onlangs onthulde Kyoto, de hoofdstad van de Heian-periode.Spelers kunnen ook vrij elke tijdperk verkennen in een open-veld ervaring, met prachtige en unieke omgevingen.Tijdens zijn gevaarlijke zoektocht om het complot van zijn broer te dwarsbomen, zal Takechiyo verschillende yokai en andere krachtige vijanden ontmoeten, terwijl hij de uitdaging van de Crucible aangaat.