Europa, 1946. WW2 woedt in heel Europa. Waar ooit de geallieerden een voordeel hadden, hebben de nazi's het tij gekeerd op dramatische wijze met de technologisch geavanceerde oorlogsmachine van Generaal Wilhelm Strasse - Deathshead. Wanneer een laatste poging op de basis van Deathshead mislukt, zakt de hoop van de geallieerden naar een dieptepunt waar ze niet meer uit kunnen komen.

Europe, 1960. De oorlog is voorbij. De nazi's zijn de triomfantelijke overwinnaars. Met behulp van een niet aflatende kracht en brute intimidatie, hebben de nazi's zelfs de machtigste naties op hun knieen gebracht. Het nazi-regime regeert nu de hele wereld met een ijzeren vuist.

Jij bent Kapitein BJ Blazkowicz, de Amerikaanse oorlogsheld. Na terecht te komen in deze wereld van duisternis is het jou onmogelijke taak om een tegenoffensief te lanceren tegen het monsterlijke nazi-regime. Alleen jij durft op te staan tegen een onstuitbaar leger van nazi-robots en logge Super Soldiers. Alleen jij kunt Deathshead stoppen. Alleen jij kunt de geschiedenis herschrijven.